Есть объективы 6,3 и 16 Карл Цейсс, планахроматы, с просветлением (редкий вариант).

Подскажите, они на непрозрачных предметах как работают? Какое рабочее расстояние у них?

6.3 подойдёт и для непрозрачных, 16 вообще для покровного стекла 0.17 мм, но скорее всего будет нормально показывать и без него. Рабочее расстояние 5 и 2,8 мм.

А оно не бывает больше у объективов с такой апертурой, это же не МБС какой-то

У Ломо 10 0.22 160 - рабочее 14мм
Ломо 4,7х0.11 П - рабочее 25,9мм
Видел и другие.
Хотя может дело в том, что числовая апертура меньше.

Правильно ли я понимаю, чем больше апертура - тем больше разрешение и меньше рабочее расстояние ?
Бывает ли так, чтоб и апертура велика и расстояние тоже ?

В общем-то да, правильно.
В той или иной степени - бывает, тем не менее. Например на объективах с увеличенными рабочими расстояниями, что сразу даёт + много к стоимости и редкости на вторичном рынке, а если это ещё и объективы годные для съёмки напрямую, т.е. без компенсационной оптики - то тем более.
Например Олимпусы SPlan ULWD (Ultra Long Working Distance) на бесконечность, но мне на такие денег не хватает - вечно либо состояние убитое наглухо, либо цена не по карману.
В результате 20х у меня " в работе" под заточно\доводочные нужды только один, Labor Microscopes, апертура 0.40, для работы без покровного стекла и рабочее расстояние целых 8мм. - для такой апертуры это весьма большое.
Но - исправленное поле не особо широкое, вроде заявлялось 22мм. (а как по мне, так деградация заметна и раньше) ну и при ХРУ=0, довольно сильная ХРП. В общем - за те деньги что я брал - нормально, но конечно хотелось бы бОльшего.