Астрономия и микроскопия

Любой грамотный современный зоолог в совершенстве владеет молекулярными методами. Ваши представления о том, что вся современная молекулярная филогения составлена людьми, не имеющего представления о морфологии или сравнительной анатомии в корне не верны. Любой современный зоолог (ботаник, энтомолог, микробиолог и пр.), это, в первую очередь, исследователь, отлично разбирающийся и великолепно владеющий методами молекулярной филогении, без этого сейчас просто невозможно работать на современном уровне развития науки. Посетите ведущие вузы или НИИ Москвы, СПб или зарубежных стран и убедитесь в этом сами. На дворе 21 век и зоология как наука продолжает бурно развиваться. На смену одной научной парадигмы приходит другая. Вы же до сих пор мыслите научными представлениями середины 20 века.

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам

Microbiologist Ваш пост по-хорошему заслуживает отдельного ответа почти на каждое предложение, но это был бы такой жуткий оверквотинг, что страшно и вообразить. Поэтому вот список моих ответов, а какой именно из Ваших тезисов дан каждый, прикиньте самостоятельно:

Все древо, может и хорошо выглядит издали, и согласуется с прочими методами, а вот если присмотреться к загоглинам некоторых ветвей, то волосы дыбом станут. У тех кто изучал сравнительную анатомию, палеонтологию и др. Микробиологу несказанно проще согласиться с ошибочностью морфологических данных о микробах, которых с гулькин нос, чем... макробиологу, собаку съевшего на препаровальном столе, и от которого теперь молекулярщики нагло требуют: "Не верь глазам своим, верь расчетам моим". Противники со сторонниками, может и признали. а большинство продолжает прибывать в полном охренении с мыслью: "Что они там такое курят?".

Нет в геноме (и вообще нигде в мире) того, из чего модно было бы "напрямую читать эволюцию". Круто было б, если как в кино "Бегущий по лезвию": изображение увеличиваешь, увеличиваешь, и бац - серийный номер модели. Но в природе такого нет. Так что без процесса интерпретации никак не обойтись. А это ой как непросто. А уж если доверить его машине...

В Википедии и новых учебниках дана ровно та точка зрения, которую Вы отстаиваете (молекулярка - все, морфология - ничто), так что будьте спокойны. Но включение теории в образовательную программу в качестве "единственно правильной" - плохой критерий истинности, Хаджи не даст соврать.

Про криптические виды, выделенные исключительно молекулярными методами, а потом, якобы подтвержденные морфологическими: если упорно искать черную кошку в темной комнате, твердо возжелав найти, то со временем обязательно найдешь. Даже, если ее там нет. Это касается далеко не всех подобных случаев (кое-где действительно молекулярщики могли найти реальный хиатус раньше морфологов, а уж у микробов это, наверное, почти всегда бывает так - не видно ж их морфологию нифига), но во многих - отвечаю за ситуацию в энтомологии.

А существует ли хоть один вид, для которого понятие вида ну прям совсем уж четко определено? и не чисто теоретически, а все критерии проверены экспериментально? Ну вот, например, что только "по родам их" во веки веков? Человек и прочие реликты, своих родах в гордом одиночестве не в счет. Зыбкая это штука - критерии вида.

Полностью согласен: надо уметь анализировать, причем с умом. Но умеют не все, не только лишь все, мало кто может это делать (С). А вот сотрясать основы - совсем другое дело, тут умельцев мульён. Дорвались до артефакта высокоразвитой цивилизации под названием секвенатор, а о том как его грамотно применить к конкретной филогенетической задаче, имеют самые смутные представления. Прямо "Пикник на обочине" выходит. И это вполне нормально дна этапе становления любого нового метода познания. А вот то, что едва освоив, как образец заряжать и какие кнопки жать, некоторые тут же возомнили себя избранными, "читающими напрямую книгу эволюции", а всех остальных - низшей кастой, ненормально. С другими методами такого не было.
Особенно улыбает то, что в половине случаев проверка одной филогенетической гипотезы на разных фрагментах генома или с разными методами математической обработки примерно в половине случаев дает существенно разные результаты. И потом авторы этих результатов долго и упорно спорят, кто же из них таки прочел книгу эволюции напрямую, а кто - накривую
А морфологи стоят в сторонке и думают про себя: "Уж мы-то хорошо понимаем, какая из этих точек зрения правдоподобна, а какая больше похожа на горячечный бред, но эти чудики пусть сами до очевидных вещей доходят, раз уж предварительно послали нас далеко".

Ругает немолекулярные (далеко не исчерпывающиеся одной только морфологией) методы обычно лишь тот, кто сам в них не разбирается (почти С). И, рутинно ворочая научные парадигмы в своих публикациях, вообще полностью их игнорирует. Или, хуже того, притягивает за уши морфологические псевдодоказательства, да так, что от треска оных ушей оглохнуть можно. Микробиологов не касается, им притягивать за уши практически нечего, и таки молекулярка - единственная соломинка для этих утопающих (до изобретения машины времени ). Лучше уж кривое дерево, нарисованная бездушным автоматом с кучей методологических ошибок, чем полностью искусственная система с "конидии окрашены" и "конидии бесцветные" в качестве критерия разделения порядков.

Как видите, я отнюдь не являюсь "борцом с познанием структуры ДНК", а всего лишь небезосновательно полагаю, что модный принцип "молекулярка - все, остальное - ничто" в систематике и филогении абсолютно неприемлем, по меньшей мере, на данном этапе научно-технического прогресса.

Скорее без завхоза, иначе после списания по истечению установленных сроков службы всё будет уезжать на утилизацию иногда даже целыми машинами.

Многие исследователи придерживаются мнения, тем что биологический вид должен являться строго монофилетической группой. А вот то, насколько дробные монофилетические группы следует считать видами в пределах какого-либо таксона, единого мнения нет, возможно это должно определяться исходя из соображений таксономической целесообразности. Какого-либо универсального критерия вида не существует и для каждого конкретного таксона приходится подбирать свои критерии. Для многих таксонов хорошо подходит морфологический критерий и валидность большинства морфологических видов у этих таксонов действительно подтверждается данными молекулярной филогенетики. А виды-двойники (криптические виды или англ. "sibling species"), увы, являются разными видами, хотя они и почти не отличимые морфологически.


Такая ситуация была в 1990-х и начале 2000-х гг. Те времена, уже давно прошли. Алгоритмы выравнивания сиквенсов и построения деревьев значительно усовершенствовались. Полногеномное секвенирование сейчас стало рутинной и недорогой операцией. Для построения филогенетического дерева теперь используют несколько сот разных генетических маркеров (в будущем счёт пойдёт на тысячи). Для каждого маркера тщательно подбирается своя эволюционная модель. Итоговое филогенетическое дерево теперь строится в результате конкатенации многих сот генетических маркеров, а вовсе не одного, как Вы думаете. Даже когда полногеномное секвенирование недоступно, исследователь при описании нового вида должен строить филогенетическое дерево обязательно по нескольким генетическим маркерам, а не по одному.

Возьмём, например Cnidosporidia, которые раньше считались протистами, а молекулярная филогения однозначно помещает их среди книдарий. И подробное изучение их морфологии, в т.ч. ультраструктуры подтвердило, что это самые настоящие книдарии, которые претерпели сильный морфологический регресс из-за паразитизма.
Или, например, положение в системе Pogonophora. Во второй половине 20 в. погонофоры рассматривались, как Deuterostomia или занимающие переходное положение между первичноротыми и вторичноротыми. Молекулярная филогения надёжно размещает погонофор среди аннелид. И данные сравнительной анатомии заново переосмысленные не противоречат этому.
Таких примеров можно привести много.

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам

Ну, к протистам относили всех подряд. Одна клетка - в простисты. А как иначе-то? Я ж написал: со всеми микробами молекулярка однозначно рулит, потому как морфологии и биономии там кот наплакал. Но вот когда переходим к многоклеточным, хорошо различичмым невооруженным глазом, то все уже совсем не так гладко. Вы описали сценарий некого идеального молекулярно-филогенетической работы. Может таковые есть, но в энтомологии я с подобными не знаком. Там приходит именно то что я сказал - взяли маленький кусочек генома, обсчитали по какой-то экспериментальной оригинальной методике автора (аналогов нет:)) и ревизию - в журнал. Не знаю уж, как с молекуляркой у редакторов и рецензентов энтомологических и общезоологических журналов, но, судя по наличествующей картине публикаций, принимается на ура все, что содержит магическое заклинание "DNA". А потом сталкиваются два таких ревизионера, чьи результаты диаметрально разошлись, и начинают полемизировать, чей аналоговнет единственноправильнее. Это я не сам придумал, а описал реальные ситуации. А у обычных энтомологов тем временем головы болят от размышлений о том, как в свете этих революционных открытий правильнее будет обозвать таксон, с которым много лет работали. Или вдруг получили вместо одного вида десять, при том что по наблюдениям в природе все они свободно скрещиваются друг с другом. Или, наоборот, от того, что у двух совершенно четко различных видов каким-то чудом куски геномов совпали достаточно для того, чтобы молекулярщик свел один из них в синонимы другого. И даже если его аналоговнет позже был раскритикован в пух и прах и навеки похоронен, ревизия остается в силе до того, как не придет другой молекулярщик со своим аналоговнетом, теперь уж точно единственно правильным:)
Ни разу не встречал публикацию, где бы после шаловливых ручек молекулярщика, порезвившихся пусть даже в 90-х годах давно признанным нерабочим методом, отыграли все назад, не прибегая к новому молекулярному анализу. Видимо, такие работы просто не пропускают. Или же обычные энтомологи не осмеливаются их писать, испытывая не менее благоговейный трепет пред заклинанием "DNA", чем редакторы. Потому как большинством энтомологов работа, основанная на молекулярке? воспринимается как непостижимое, но крайне могущественное колдовство, а ее вывод (молекулярщики обычно не стесняются делать самые категоричные выводы, особенно, когда играют на чужом поле) - как истина последней инстанции. И таки да, многие действительно перестают верить глазам своим в пользу "божественного откровения".

А как же межвидовая гибридизация и горизонтальный перенос? Более того, ни один вид эукариот не моежт считаться строго монофилитическим, так как все они происходят из симбиоза архей с бактериями. А молекулярщики еще и удивляются сильно, когда деревья, построенное по митохондриальному геному и ядерному сильно отличаются. А все от незнания областей биологии лежащей за пределами молекулярки, в частности, биологии индивидуального развития, в том числе необычных его форм. Гладко было на бумаге, да забыли про овраги...

Сколько там у европейцев с азиатами в геноме от неандертальца? А у чистокровного негра ровно 0%. Что же с этим делать? Выделить негров в отдельный вид, лишив эпитета сапиенс? Вот бы обрадовались работорговцы!

Последние пару страниц ветки конечно очень имеют отношение к исследованиям любителей.

_________________
Leitz Laborlux S
Leitz Dialux
Leitz Labovert (два)
Campden Instruments HA752
Slide PFM medical 2003
Leica SM2000R
3D Gamma
объективы Zeiss Epiplan-Neofluar 5x,10x,20x,50х,100x (резьба М27)
объективы интерференционные МИО-1

С чего Вы взяли, что молекулярщики этого не знают? Я уже писал, что молекулярной филогенией на приличном уровне в настоящее время владеет и занимается любой грамотный и образованный зоолог, энтомолог, ботаник и т.д., который, разумеется, интерпретирует полученные результаты в связке с морфологией. Некоторые программы для кладистического анализа позволяют строить дерево на основе конкатенации одного или нескольких генов и морфологических признаков, которые предварительно кодируются, например, это можно сделать в программе MrBayes. Кладистический анализ исходит из предположения, что видообразование происходит только исключительно в результате дивергенции (дихотомия) и не учитывает гибридизацию и горизонтальный перенос. Это сделано только исключительно для удобства и упрощения кладистического анализа. Но в скором времени, очевидно, и эта проблема будет решена. Мультигенные деревья для того и строят, что по одному генетическому маркеру нельзя построить более или менее реальное филогенетическое дерево, причём к разным генетическим маркерам применяют разные модели эволюции.

В современной биологии нет единого понимания биологической сущности вида. Если Вам не нравятся концепция молекулярного вида, как монофилетической группы, то предложите тогда свою. Если учитывать гибридизацию, горизонтальный перенос и пр., то, боюсь, тогда вообще, вид превратится в некую несуществующую в природе абстракцию.

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам

Если Вы правильно выбрали генетический маркер и правильно провели анализ, то все свободно скрещивающиеся виды у Вас должны образовать на дереве монофилетический таксон. Если они свободно скрещиваются, значит они явно генетически близкородственны. Если вдруг всё-равно наблюдается пара- или полифилия, то пробуете другой маркер. Если и это не помогло, то, возможно, Вы имеете дело с морфологическими неотличимыми видами-двойниками, которые на самом деле репродуктивно изолированы и не скрещиваются друг с другом, а следовательно - разные виды.


Значит этот генетический маркер не подходит для разграничения видов именно в этом группе, и Вы должны проверить как будут работать другие молекулярные маркеры. Универсального молекулярного маркера для дифференцирования видов не существует, для каждой таксона он может быть разный.
В энтомологических работах, насколько мне известно, для разграничения видов успешно применяется сиквенсы гена COXI.
Вообще, молекулярной филогенией насекомых должен заниматься грамотный и опытный энтомолог (а не чисто молекулярщик, как Вы пишите), поскольку для правильной интерпретации результатов, помимо молекулярной филогенетики, необходимо очень хорошо разбираться в морфологии, сравнительной анатомии, систематике насекомых и пр.

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам

Ну хватит уже этих сентенций ни-то из параллельной вселенной ни-то из палаты №6! Вы сами. если верить нику, микробилог. А насколько мастерски умеете вскрывать труп коровы с подозрением на сибирскую язву? А ведь это лежит вполне в области вашей прямой компетенции - микроорганизмы. В Хабаровске много что ли зоологов, сразу по возвращении из многодневного похода по тайге звериными тропами в заповедную избушку приступающих к полногеномному секвенировнию? Не смешите мои тапочки! И дело тут не в "немытой России", как могут подумать злорадные либералы, а в том, что сапоги должен делать сапожник, а пироги - пирожник. Эпоха универсальных натуралистов закончилась где-то между Аристотелем и Ньютоном. Сейчас эпоха специалистов, и чем дальше, тем уже. Именно поэтому у статьи о гиперпространстве 5 с лишним тыс. авторов вместо одного "грамотного физика", для оправдания этого высокого статуса обязанного в совершенстве владеть всем БАК-ом. На западе зоологи, если хотят вставить в исследование молекулярную составляющую просто-напросто кооперируются с молбиологами и выпускают статьи в соавторстве. А не учатся новым методам с нуля. Зачем бы тогда вообще по отдельной специальности "Молекулярная биология" готовить студентов нужно было? Знай себе готовь зоологов, а они уж ДНК ковырять в совершенстве как-то сами научатся, обязаны ведь, если грамотные. Если мужик 20 лет ловил крокодилов, то он несравнимо больше пользы принесет науке в лодке с веревочной петлей в руках, чем в лабе с автоматической пипеткой. Там-то хорошо понимают смысл специализации и кооперации как в эволюции живых орнганизмов, так и в эволюции человеческого социума. Это только здесь зоологов в ВУЗах заставляют заниматься бесконечным переписыванием УМК по принципу "неважно как, но лишь бы не так, как было в прошлом году", а на объектах ПЗФ - рыть выгребные ямы и поднимать поваленные опоры ЛЭП. Эдак, конечно, станешь специалистом по всему (из того, что есть на рабочем месте). Если только раньше не сдохнешь от перенапряжения. Но что ты при такой занятости напишешь конкретно по своей целевой теме, х. з.

А насчет достижений в науке, у нас тут последние девять лет пережить день - уже достижение. Привести б сюда оксфордского профессора пожить месяц-другой, так он бы гарантирванно на дурку съехал. МГУшному годика б хватило. А я продолжаю исследовать, даже мелкоскоп вон для этого сконструировал за неимением фабричного. И в поле хожу с риском для жизни. Вот, сегодня в процессе сбора материала нарвался на банду малолеток (явно меньше 16) с ПМ-ами А мне еще тут говорят, будто Россия - не Сомали...

Так что не надо мериться научным ЧСВ. Сами-то - вряд ли нобелевский лауреат. А достижения не столько от стремления и вложенного труда зависят, сколько от везения или невезения с жизненными обстоятельствами. В этом я хорошо убедился. Вот, кому-то тут повезло удачно карьеру построить, личную жизнь, купить виллу в Испании, а потом еще и устроиться в Австралии при первом намеке на шухер на Родине. Но по закону Ломоносова-Лаувуазье если у одного что-то прибыло, то у другого что-то убыло. Но это отнюдь не означает, что этот другой менее компетентен в науке.

Насчет видов Вы верно подметили: критерии их не универсальны и, зачастую, расплывчаты. И как же такой шаткой ситуации проверить, кто больше наврал в проведении границ: молекулярка или морфология?

Вообще, молекулярной филогенией насекомых должен заниматься опытный энтомолог и опытный молекулярщик в тесной коллоборации. Потому как в одном лице в равных долях такое, как правило, не сочетается. Время универсального знания прошло. Не умещается уже оно в отдельно взятой черепной коробке. Более того, ревизией группы должен заниматься не просто хороший энтомолог, а хороший специалист по этой группе. Желательно, видевший всех ее представителей в природе живьем, а не только в музее на булавках. Но одно дело должно быть, а другое - есть. Я описал то, что есть, а Вы - то, что должно быть. Понятно, что так консенсуса не найти.



Ага: перебирайте кнопки до достижения результата, совпадающего с истиной картиной. Проблема лишь в том, что картина эта обычно неизвестна, а ее построение являетстя целью анализза.Иначе зачем он вообще нужен - знай себе рисуй дерево от руки. Примеры которые я ранее привел, где исследователь знает, кто с кем в природе свободно скрещивается, а кто наоборот, и на основании этого знания может проверить несостоятельносьи конкретного результата молекулярно-филогенетического анализа представляют собой редчайшие случаи. Чтобы знать такое, нужно прожить бок о бок с этими видами с пеленок до глубоких седин. В большинстве же реальнх ситуаций надежный эталон, с которым можно было бы сопоставить выдачу чудо-программы, попросту отсутствует. Зато, зачастую, присутствует некое априорное умозрительное представление автора, к которому он вольно или не вольно старается результаты подогнать. В том числе перебирая маркеры или матметоды. До получения желаемого. Излишне говорить, что к научному методу познанию мира данный алгоритм действий отношения иметь не может.

Эффективность работы генетических маркеров, используемых для разграничения видов часто так и проверяется на практике. Берётся некоторое количество чётко различимых морфологических видов и смотрят, как работает тот или иной маркер. Анализируют внутривидовую и межвидовую изменчивость этого маркера, смотрят, насколько совпадают между собой морфологические и молекулярные виды, соблюдается ли монофилия в пределах морфологического вида, и может ли этот маркер дифференцировать близкородственные виды. Практика последних 20 лет показала, что для многих эукариот часто бывает достаточно анализа всего по двум маркерам - COXI и 18S рДНК, иногда добавляют один или два каких-либо других маркеров, так что перебирать долго не придётся. Наиболее вероятная модель эволюции должна выбираться не путём перебора (это грубая ошибка), а путём анализа самой последовательности.

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам

А что Вам мешает уехать? Кто хотел заниматься научными исследованиями на высоком уровне, тот нашёл и уехал. Потому что, кто ищет, тот всегда найдёт. И совсем не обязательно уезжать за границу. В России, например, в Москве, СПб, Новосибирске тоже можно заниматься научной работой на вполне приличном уровне, нисколько не хуже чем на западе, разве что зарплата меньше. Ну а раз Вы не уезжаете и не ищите, значит Вас всё устраивает.

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам

Тем не менее множество открытий происходит на стыке двух и более дициплин, а кооперация не всегда доступна, потому и появляются всякого рода смешанные специальности - та же биохимия, биофизика, биоинформатика итд. Если сейчас в одном флаконе нет энтомолог+молбиолог но вы чувствуете, что назревает необходимость, то можно и вторую специальность получить. Понимания в любом случае добавит.

Большинству мешает язык. Не у всех его учить получается да и не всегда хотят. Хотя в пору google translate это уже не так сложно как раньше.

Видимо сложно реализовать себя, когда все тебе должны, а из достижений - только простыни бреда на форумах.