Астрономия и микроскопия

Просто список компетенций составили безграмотно, наверное, сильно торопились. В вакансиях БИНа, вообще, сложно что-либо понять, каких компетенций они ждут от кандидатов на должность. Но молекулярной филогенетикой в БИНе тоже активно занимаются, у них есть секвенатор, это видно также по их статьям. На самом деле это всё формальность. Уже заранее известно, кто будет эти должности занимать.

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам

Ну вот и славно: Вы поняли причину моего возмущения содержимым этой таблички - она а) составлена безграмотно, б) под конкретное лицо, которое заранее определено. Вполне возможно, что это лицо само принимало активное участие в процессе. С реальными оставляющими мастерства современного энтомолога-таксономиста, каким оно видится большинству работодателей в мире, там немного общего.

Напомните мне эту вакансию, покажите ссылку. Я не понимаю Вашего недовольства. Вы считаете, что энтомологи ЗИНа плохие морфологи, плохие таксономисты и некомпетентны в энтомологии?

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам

Постойте, но Вы ж сами эту ссылку сюда притянули! Потеряли уже? Вот так навык работы с литературой

Я, кстати, еще раз перечитал, и заметил, что даже не 30 тыс., а только лишь 29625 р., и это за полную ставку при неслабом таком послужном списке. Реально выглядит как насмешка над российской наукой. Быть может, должность вообще липовая? Типа как Виктор Янукович значился где-то проффесором (орфография сохранена).

Я считаю лишь, что, по крайней мере некоторые из ЗИНовских энтомологов - плохие фотографы. Но, если конкретно создание "цифровой коллекции перепончатокрылых" руководство не поощряют надбавками, то вопросов не имею. При таком базовом окладе любая не оплачиваемая дополнительно работа будет выполняться на от...цепись.

Курсы курсами, они проводятся и обычно все желающие их посещают. А то механизм контроля.


Раньше в подобных организациях это было и обычно если сильно надо то находятся места. Но как сейчас не знаю.

Там было несколько вакансий.
А если дело касается именно той вакансии, то там просто забыли дописать в списках компетенций малосущественные пункты. Сам же научный сотрудник секвенирование не проводит. Этим занимается специально обученный инженер. И молекулярные клоны может быть они не получают. Возможно, всё ограничивается прямым секвенированием. Я не знаю. В любом случае Вы убедились, что современный энтомолог-систематик должен быть одновременно, как хорошим морфологом, так и хорошо владеть методами молекулярно-филогенетического анализа.

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам

Под "методами молеклярно-филогенетичесокго анализа" Вы что конкретно подразумеваете? А то выяснилось, что там еще без инженера не обойтись. Ну, раз все от и до ентот "современный энтомолог" не делает сам, то и ПЦР поставить найдется кому за него. А что касается биоинформатики, то это вообще отдельная специальность, зоологов этому не учат, в аспирантуре в том числе. Так что сначала подправьте образовательную программу, потом требуйте. А лучше не требуйте, потому как специализация - это хорошо, и тот, кто сидя в мягком кресле, хорошо компьютерного питона питонит, совсем не обязательно должен уметь питонить питона чешуйчатого, ползая по уши в грязи, как и наоборот. От хирурга не требуют умения составлять программы для томографа, а от того, кто их пишет, - проводить операции.

Вы можете поручить всю "лабораторную" работу лаборанту или инженеру, если уверены, что он всё сделает правильно и аккуратно. Если в штате лаборатории нет должности лаборанта, или если Вы не уверены в том, что лаборант всё сделает правильно и аккуратно, то тогда придётся всё делать самому. На последнем этапе вы замешиваете все компоненты для секвенирования в микропробирках и передаёте их инженеру, который будет проводить секвенирование. Наконец, инженер пришлёт Вам на электронную почту файлы, но не в виде последовательности, а в виде вот такой фореграммы (фото ниже), которую надо отредактировать или заново сделать секвенирование, если качество прочтения будет плохим. Самая нижняя фореграмма очень хорошая, средняя -чуть похуже, верхняя - удовлетворительного качества (плохое разделение "пиков"). На самом верху видны последовательности нуклеотидов. Надо проверить, соответствуют ли эти цветные "пики" нужному нуклеотиду. Программа сама выделила сомнительные нуклеотиды чёрным цветом, но лучше проверить каждый нуклеотид, если есть время, т.к. иногда программа ошибается.

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам

Биоинформатики занимаются разработкой соответствующих программ, алгоритмов выравнивания последовательностей и построения деревьев. Биоинформатики, в большинстве своём, не биологи вообще. Заниматься построением филогенетических деревьев и интерпретацией полученных результатов должен именно специалист-систематик по соответствующей группе, а не биоинформатик! Если Вы встретили статью, написанную явно не специалистом по этой группе живых организмов, то смело можете её не читать. Такие статьи, к сожалению, имеются и их легко вычислить. Все алгоритмы и программы филогенетического анализа за последние 20 лет настолько усовершенствовались, что эти методы сможет освоить любой биолог-систематик, если захочет. Разумеется, для этого придётся очень хорошо потрудиться и поучиться под руководством опытного специалиста.

С чего Вы это взяли?? Во-первых, в приличных вузах (МГУ, СПбГУ и др.) будущим зоологам, ботаникам, микробиологам преподают основы молекулярно-филогенетического анализа. Это я точно знаю. Но многих провициальных вузах с этим всё очень печально. Во-вторых, что Вам мешает заняться самообразованием и/или напроситься работать в лабораторию к опытному специалисту, который бы многому Вас научил?? В-третьих, у Вас не очень развит навык работать с современной литературой. Опытный наставник, может быть, чему-то Вас и научит, но во многих вопросах Вам придётся разбираться самостоятельно. Надо учиться самому добывать нужную информацию из научных статей!

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам

Не, с инженером нисчитово. Вы ж сами утверждали, что современный биолог-систематик должен все делать сам! Даже чинить всю эту байду

Ну, там, в табличке, четко написано: умения биоинформатить от энтомолога за 29,5 тыс р. требуется. Правда х. з., что они подразумевают - профессиональное программирование или быдлячее тыканье кропок. Вы, кстати, свои анализы на каком языке программируете?

Понятно, что спецы-биоинформатики могут много хрени наворотить без постоянного контакта со спецом-биологом, но почему Вы упускаете из внимания возможность обратной ситуации?

Не совсем так. Разработчики - это вычислительные биологи, а биоинформатики - это как раз пользователи обрабатывающие большие и/или сложные биологические данные тем или иным способом. Яркий пример моделирование пространственной структуры белка.

Или например электронный определитель растений или насекомых это тоже частный пример использования биоинформатики.
https://play.google.com/store/apps/deta ... t&hl=en_US
https://play.google.com/store/apps/deta ... t&hl=en_US

Он английский учить не хочет какие уж тут статьи. Токмо дедовы пыльны фолианты.

Совсем не так: хорошая практика состоит в том, что пишет код (по меньшей мере, модифицирует под конкретную задачу с учетом последних достижений) и проводит анализ один и тот же человек. Это является гарантией от ситуации, когда аналитик понятия не имеет, что делает программа, и просто исполняет некий ритуал, зафиксированный в священном тексте методички.

И да, электронные определители по морфологическим признакам к биоинформатике имеют не большее отношение, чем этот форум (тоже как-то связан с биологией и компьютерами:)). А Педивикию на ночь лучше не читать, там много мусора.

В вакансии немного не так написали. Нужно было написать "Владеть методами молекулярно-филогенетического анализа". Знать языки программирования мне не нужно. Я же не биоинформатик. Я всего лишь пользуюсь их программными продуктами. Для меня, молекулярная филогенетика лишь вспомогательный инструмент. Но мне нужно очень хорошо разбираться в моделях эволюции и уметь подбирать нужную модель эволюции в зависимости от природы последовательности, а также уметь интерпретировать полученные результаты. Ещё каких-то лет 20 нужно было довольно долго учиться "выравнивать" последовательности, всё искусство "выравнивания" приходило только с опытом, сейчас с этим очень хорошо справляются компьютерные программы и результаты получаются не хуже, чем у самых маститых филогенетиков-систематиков. Важно также научиться подбирать, какой именно генетический маркер(ы) подходит для данного анализа. Начинающий может для начала подсматривать всё это в разделе "Материалы и методы" в статьях по его группе организмов и делать точно так же. Позже он должен научиться все эти параметры подбирать сам. Если результаты филогенетического анализа получаются явно не соответствующие классической систематике и филогении, то это уже повод задуматься, насколько корректны твои результаты и нет и в них ошибки.

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам

Это если программирование на уровне формул в Экселе или создания шаблонов для представления данных в каком то Tableau. Все остальное пишут проф. программеры по ТЗ которое им поставили. А все остальные биологи просто пользуются продуктом по принципу черного ящика. Но кто-то специализируется на использовании компьютерных методов исследования - это и будет биоинформатик, а кто-то нет. Например вы же не знаете как работает движок этого форума но вполне его освоили хоть и цитаты делать не научились. Там все тоже самое.

Биоинформатик не программист, а тот же пользователь хоть и продвинутый в узкоспециализорованном софте.

Биоинформатика и молекулярная филогенетика - это разные вещи! Биоинформатик по своему образованию, не совсем биолог. В этом можно убедиться, взглянув на его учебный план, например, здесь:
https://spbu.ru/postupayushchim/program ... nformatika
https://spbau.ru/assets/documents/Ucheb ... chelor.pdf

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам